Филиал «Южный» является обособленным подразделением Федерального государственного бюджетного учреждения «Всероссийский научно-исследовательский институт охраны окружающей среды» (ФГБУ «ВНИИ Экология»), занимается реализацией научно-исследовательских работ, научно-методической и экспертной поддержкой природоохранных проектов в семи регионах: ДНР, ЛНР, Запорожской и Херсонской областях, Крыму, Севастополе и Ростовской области.

Главные направления работы филиала — научные исследования в области охраны окружающей среды, рационального использования природных ресурсов, развития особо охраняемых природных территорий, информационная деятельность в пределах компетенции.

Среди ключевых задач — научно-исследовательские работы, направленные на решение проблем загрязнения Азовского моря, ликвидацию накопленного экологического ущерба, восстановление лесов, пострадавших от боевых действий, развитие системы особо охраняемых природных территорий, совершенствование системы управления отходами от строительства и сноса зданий, разрушенных в ходе конфликта, а также научное обоснование принимаемых решений в области охраны окружающей среды на курируемых территориях.

Филиал проводит работу по сбору информации для «Белой книги» новых регионов. Этот документ фиксирует текущее состояние окружающей среды, сложившееся вследствие боевых действий, и предлагает пути улучшения этого состояния, решения по дальнейшему развитию территорий для стабилизации и улучшения сложившейся ситуации.