Лев Константинович Шапошников (15.02.1925 – 26.08.1979), основатель и первый директор института. Усадьба «Знаменское-Садки»

История института началась 28 марта 1952 года. В этот день при Президиуме Академии наук СССР была организована Комиссия по заповедникам. В 1955 году она была преобразована в Комиссию по охране природы, при которой была создана Центральная лаборатория по охране природы (ЦЛОП). Ее руководителем стал известный ученый Лев Константинович Шапошников.
Лев Константинович был одним из первых, кто рассматривал сохранение природы как комплексную задачу. Ему удалось сплотить вокруг себя коллектив единомышленников, для которых охрана природы была делом и смыслом жизни. Ученый активно работал и в нашей стране и за рубежом.
В течение 18 лет он был председателем Комиссии по природоохранному просвещению Международного союза охраны природы.     В 1972 году Центральная лаборатория охраны природы переехала в только что отреставрированный господский дом музея-усадьбы «Знаменское-Садки» со старинным парком, каскадами прудов, богатым растительным и животным миром. 
В 1997 году у входа во «дворец» - так сотрудники института называли это здание - в память о первом руководителе лаборатории, Льве Константиновиче Шапошникове, была установлена мемориальная доска.

Л. К. Шапошников — создатель первой природоохранной организации в стране. Награжден почетными знаками охраны природы ГДР, ПНР, НБР, ЧССР 

Евгений Евгеньевич Сыроечковский 

  Иван Антонович Гавва

Юрий Порфирьевич Язан 

  Андрей Сергеевич Пешков

Валерий Викторович Тихомиров 

Сергей Геннадьевич Фокин 

Расположившись в усадебном парке, институт обеспечил сохранение этого природного комплекса в ходе градостроительного освоения сопредельных территорий.
В стенах Центральной лаборатории охраны природы (в дальнейшем — Всесоюзного научно-исследовательского института охраны природы) работали всемирно известные ученые: Лев Петрович Никифоров, Савва Михайлович Успенский, Андрей Григорьевич Банников, Евгений Евгеньевич Сыроечковский, Владимир Евгеньевич Флинт, Александр Александрович Кищинский, Александр Николаевич Головкин, Юрий Михайлович Щадилов и многие другие, отдавшие свои знания и опыт делу охраны природы.

Л.К. Шапошников руководил лабораторией до 1976 года. С 1976 по 1979 годы лабораторию возглавлял Евгений Евгеньевич Сыроечковский, доктор биологических наук, профессор, член-корреспондент ВАСХНИЛ, один из ведущих ученых страны в области экологии животных, охраны природы, прикладной зоологии и зоогеографии. Он руководил многими крупными экспедициями в Сибирь и на Крайний Север страны. При нем сфера деятельности Центральной научно-исследовательской лаборатории расширилась, появились новые направления: охрана природы и оценка биологических ресурсов Севера, таежное природопользование и охрана экосистем тайги. Продолжилась работа по сбору и анализу материалов о состоянии редких видов растений и животных.
В 1963 году была издана первая Международная Красная книга Международного союза охраны природы (МСОП). В Советском союзе работа по подготовке Красной книги началась в 1960 году со списка птиц, находящихся под охраной. Учеными Центральной лаборатории по охране природы была проделана основная работа по сбору и анализу материалов, а затем - по подготовке очерков по редким видам. В результате этой работы в 1978 году вышло первое издание Красной книги СССР.  Профессор Сыроечковский вел большую работу по подготовке научных кадров. В 1977 году при его участии был создан Специализированный совет по присуждению ученой степени.  В феврале 1979 года распоряжением Совета Министров СССР Центральная научно-исследовательская лаборатория была преобразована во Всесоюзный научно-исследовательский институт охраны природы и заповедного дела (ВНИИприроды) Министерства сельского хозяйства СССР. 

В 1979 году директором ВНИИприроды был назначен Иван Антонович Гавва, ранее работавший советником посольства СССР в США по сельскому хозяйству. Он ответственно относился к своей работе, вникал в проблемы института, старался, чтобы коллектив работал добросовестно и слаженно. 

1983 году директором института стал доктор биологических наук Юрий Порфирьевич Язан, до этого занимавший пост заведующего отделом экологии ЦНИЛ Главохоты РСФСР. В круг его научных интересов в частности входили исследования механизмов регуляции численности диких млекопитающих, некоторые аспекты биологии популяций, охрана и эксплуатация запасов зверей, а также поиск путей совершенствования заповедного дела. Минсельхоз СССР неоднократно награждал его за успешное выполнение научных работ. 

С 1989 по 1992 годы институт возглавлял Валентин Абрамович Красилов, доктор геолого-минералогических наук, академик РАЕН, профессор по специальности «Палеонтология и стратиграфия. 

В 1993-1994 годы обязанности директора исполнял Валерий Викторович Снакин, доктор биологических наук, известный ученый в области исследования механизмов функционирования экосистем. 

Значимой фигурой в истории института стал кандидат биологических наук, заслуженный эколог Российской Федерации Андрей Сергеевич Пешков, назначенный на должность директора в 1993 году и возглавлявший ВНИИприроды в течение 10 лет. В 1978 году он окончил МГУ им. М.В. Ломоносова по специальности «Океанология», в 1999 году - Российскую академию государственной службы при президенте РФ по специальности «Юриспруденция, государство и право». На посту директора проявил себя как высокопрофессиональный инициативный работник исключительной работоспособности. При нем структура института изменилась: сократился штат некоторых лабораторий традиционного направления, зато появились новые подразделения, которые стали развивать современные и, главное, экономически обеспеченные направления деятельности, такие как государственная экологическая экспертиза, экологическое нормирование, экологическая сертификация.
Под руководством А. С. Пешкова проводились научно-прикладные исследования и организационно-методические работы в таких важнейших эколого-экономических областях, как обязательная сертификация по экологическим требованиям, государственная экологическая экспертиза, оценка техногенных воздействий на окружающую среду. В период его руководства институт имел статус двойного подчинения - Госкомэкологии России и Правительству Москвы. Благодаря этому велась большая работа по московскому региону.
Велики заслуги Андрея Сергеевича в сохранении и реставрации культурно-исторического и архитектурного памятника федерального значения, усадьбы Знаменское-Садки. В частности, были проложены экологические тропы, восстановлено из руин здание скотного двора. 
Девяностые годы прошлого столетия были очень непростыми для учреждения. Экспедиционные исследования практически прекратились. Институт из «Всесоюзного» был переименован во «Всероссийский». 

В 2003 году ФГУ «ВНИИприроды» было преобразовано в ФГБУ «Всероссийский научно-исследовательский институт охраны природы», директором которого стал Андрей Владимирович Данченко. 

В 2005 году институт полгода возглавлял Геннадий Иванович Крепец. 

В период 2005 - 2007 годы институт возглавлял Валерий Викторович Тихомиров. Он успешно решал проблемы учреждения, накопившиеся за предыдущие годы. Под его руководством тематика научных работ расширилась, появились дополнительные хоздоговорные работы, заключались государственные контракты по заказу Росприроднадзора. Валерий Викторович пользовался большим уважением у сотрудников института. 

В 2007 - 2008 годы институтом руководил Николай Борисович Нефедьев. 

В 2008 году Росприроднадзор, в подчинении которого находился институт, назначил на должность директора Александра Леонидовича Замураева, доктора технических наук, профессора. Им была оптимизирована структура института, внесены изменения в состав лабораторий, включены несколько новых перспективных подразделений в состав отделений экологического обеспечения природопользования и экологического контроля. В этот период ФГБУ «ВНИИприроды» было предоставлено право проводить конкурсы на выполнение научно-исследовательских работ и природоохранных мероприятий. 

С 2009 по 2011 годы директором института был кандидат биологических наук Андрей Евгеньевич Субботин. 

В марте 2012 года Минприроды России издало приказ о реорганизации ФГБУ «ВНИИприроды» путем слияния с ФГБУ «Контрольный информационно-аналитический центр охотничьих животных и среды их обитания». Для проведения процедуры слияния двух организаций директором института был назначен Андрей Александрович Филатов. Однако вопрос реорганизации оказался сложным, и в июле 2012 года Минприроды России отменило решение о реорганизации учреждений.

С 2013 по 2016 годы институтом руководил Андрей Юрьевич Недре. Приказом Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации ФГБУ «ВНИИприроды» было переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Всероссийский научно-исследовательский институт охраны окружающей среды (ФГБУ «ВНИИ Экология»).

В июне 2016 года директором института назначен Сергей Геннадьевич Фокин, доктор медицинских наук, заслуженный врач Российской Федерации. При нем в институт был проведен интернет, рабочие места оборудованы современной техникой, создан сайт института. Сергей Геннадьевич поддерживал экспедиционные исследования по редким видам. При его активной поддержке организовано создание центра реабилитации и разведения хищных птиц в «Государственном природном заповеднике «Дагестанский», организован ряд федеральных и региональных ООПТ.
Указом Президента Российской Федерации 2017 год объявлен Годом экологии. На ФГБУ «ВНИИ Экология» возложена важная функция оператора Года экологии в России.
В 2018 году В.В. Путин подписал указ «О национальных целях и стратегических задачах развития Российской Федерации на период до 2024 года», устанавливающий и утверждающий национальные проекты России. Одним из них стал национальный проект «Экология», включающий в себя ряд федеральных проектов, в числе которых Федеральный проект «Чистая страна». Для реализации данного проекта Приказом Минприроды России на базе научно-методического центра «Отходы» «ВНИИ Экология» был организован Проектный офис федерального проекта «Чистая страна».

В феврале 2020 года приказом министра природных ресурсов и экологии РФ Дмитрия Кобылкина на должность директора института назначен Иван Валентинович Стариков, кандидат экономических наук, с 1995 по 2000 – заместитель министра экономики РФ, с 2001 по 2004 год – член Комитета Совета Федерации по бюджету, налоговой политике, финансовому, валютному и таможенному регулированию, банковской деятельности, заместитель председателя Комитета Совета Федерации по вопросам экономической политики, председатель Комитета Совета Федерации по аграрно-продовольственной политике.